Die permanente Inventur wird auch laufende oder effektive Inventur (§ 39 Abs. 3 HGB) genannt. Sie erfasst alle Zu- und Abgänge im laufenden Geschäftsjahr (§ 241 Abs. 2 HGB). Die Inventur ist die Grundlage für das vorgeschriebene Bestandsverzeichnis, das eine Aufstellung über das Vermögen und die Schulden der Unternehmung liefert (§ 240 HGB). Die Ergebnisse der permanenten Inventur werden im Rahmen einer ordnungsgemäßen Buchführung erfasst. In der Lagerkartei wird die jährliche Bestandsaufnahme erfasst. Die HGB-Vorschriften betreffend die Inventur schreiben nach den §§ 240 Abs. 2 und 242 Abs. 2 HGB vor, dass Kaufleute zum Schluss eines Wirtschaftsjahres eine Bilanz, eine Gewinn- und Verlustrechnung sowie ein Inventar aufstellen müssen. Die Verantwortlichen unterzeichnen das Inventar und sind für seine ordnungsgemäße Aufbewahrung zuständig.
Das Inventar wird unter anderem durch die effektive Inventur erfasst. Durch die permanente Inventur ist eine exakte Bestandsaufnahme aller Lagerplätze möglich. Die effektive Inventur erleichtert die Erfassung der Vermögensgegenstände eines Unternehmens nach Menge, Art und Wertangabe, da sie nicht nur stichprobenartig und körperlich oder als zentrale Bestandsaufnahme an einem bestimmten Tag erfolgt, sondern laufend (permanent, effektiv) während des gesamten Geschäftsjahres. Die Inventurdifferenz stellt den Diebstahl und Schwund innerhalb dieser Periode fest. Die tatsächlich vorhandenen Vermögenswerte bilden die sogenannten Istwerte, die durch die Inventur ordnungsgemäß zu erfassen sind. Die Buchführung gibt dagegen die Sollwerte der durch die Inventur gezählten Vermögensgegenstände wieder. Die der Inventur unterliegenden Warenbestände bestehen aus allgemeinen Waren, Roh-, Hilfs- und Betriebsstoffen sowie fertigen und unfertigen Erzeugnissen. Zudem gibt es noch die Gruppe der immateriellen und bei dritten Parteien lagernden Vermögensgegenstände. Immaterielle Gegenstände zeichnen sich dadurch aus, dass eine körperliche Bestandsaufnahme durch Messen, Zählen und Wiegen nicht möglich ist. Es handelt sich dabei um Vermögenswerte, die zum Beispiel durch Patente, Marken, Gebrauchsmuster oder Lizenzen abgedeckt sind. Ihre Aufnahme ist nur anhand von Urkunden und anderen Dokumenten wie Lagerscheinen oder Versandpapieren möglich. Zu dieser Gruppe der Vermögensgegenstände gehören auch die Verbindlichkeiten und Forderungen aus Lieferungen. Diese Erfassung nach Urkunden, Büchern und Belegen nennt man Buchinventur.
Die buchungsgemäße Bestandsfortschreibung erleichtert die Übernahme der Bestände in das Inventar am Bilanzstichtag. Ein Vorteil der effektiven Inventur ist die hohe Genauigkeit, die durch zielgerichtete Kontrollen und eine entsprechende Organisation weitgehend garantiert ist. Ein Nachteil ist der hohe Zeitaufwand, der durch die lückenlose physische Erfassung (Messen, Wiegen, Bewerten) der Vermögensgegenstände gelegentlich durchaus zu einer Behinderung des Arbeitsablaufes führen kann. Für die Durchführung der Inventur wird ein Inventurleiter bestimmt. Ferner wird das Verfahren durch aufgestellte Inventurrichtlinien, bereitgestellte Hilfsmittel (Waagen, Zählblocks, Aufnahmebelege) und entsprechend geschultes Personal erleichtert. Die Durchführung der Inventur erfolgt in übersichtlichen und klar abgegrenzten Inventurbezirken, wobei die entsprechenden Arbeitsplätze und Lager vorher entsprechend durch Aufräumen und Kennzeichnung vorbereitet werden. Für Warenbestände, die sich durch regelmäßigen Schwund, Verderb, Verdunsten, Zerbrechlichkeit und ähnliche Vorgänge auszeichnen, ist die effektive Inventur steuerlich unzulässig. Sie stellen sogenannte unkontrollierbare Abgänge dar. Diese Abgänge können nur bei Anwendung ausreichender Erfahrungssätze, die den Schwund annähernd zutreffend beschreiben, berücksichtigt werden.
Die Einlageninventur ist ein Sonderfall der effektiven Inventur. Sie betrifft automatisch gesteuerte Lagersysteme. Das Handelsrecht bietet den Unternehmen einige vereinfachte Inventurverfahren, um den damit verbundenen Arbeitsaufwand nicht allzu sehr ausarten zu lassen: Die Festwertermittlung, die Gruppenbewertung (§ 240 Abs. 3 und 4 HGB), das Stichprobenverfahren und die vor- und die nachgelegte Stichtagsinventur (§ 241 HGB). Die Personen, die das Inventar aufnehmen, dürfen nicht identisch sein mit den Personen, die für die Lagerung und Verwaltung der Vermögensgegenstände im laufenden Geschäftsjahr zuständig sind. Ferner ist eine zeitlich vor- oder nachverlegte Inventur zulässig. Sie erfolgt drei Monate vor dem Abschlussstichtag oder zwei Monate nach diesem Zeitpunkt (Tag der Bilanzerstellung). Diese Stichtagsinventur ist dann zulässig, wenn durch das Fortschreibungs- oder Rückrechnungsverfahren eine ordnungsgemäße Wertfeststellung des Vermögensbestandes gewährleistet ist.