Der Gesetzgeber schreibt eine einmal jährlich durchzuführende körperliche Bestandsaufnahme der vorhandenen Waren und Anlagegüter vor. Eine solche Ermittlung wird als Inventur bezeichnet. Geschäftsinhaber können auf freiwilliger Basis eine häufigere Inventur vornehmen, eine solche bietet sich vor allem in der Gründungsphase zur Überprüfung der Annahmen einer Preiskalkulation an. Als Inventurdifferenz wird die Abweichung der gezählten oder gemessenen Warenmenge von den Buchwerten bezeichnet. Sie tritt in den meisten Fällen auf, eine Übereinstimmung der Soll-Werte mit den Ist-Werten des Warenbestandes gilt als ungewöhnlich.
Die exakte Ermittlung einer Inventurdifferenz setzt das Vorhandensein belastbarer Ist-Werte voraus. Diese ermitteln Betriebe über eine regelmäßige Bestandsfortschreibung. Ohne eine solche wäre eine Inventurdifferenz höchstens auf den Gesamtwarenwert, nicht aber auf einzelne Waren bezogen feststellbar. Moderne Warenwirtschaftssysteme schreiben den Bestand automatisch fort und informieren zusätzlich den Geschäftsinhaber, sobald festgelegte Meldeschwellen unterschritten werden.
In der Literatur wird bei Einzelhandelsgeschäften der Kundendiebstahl als Hauptursache für Inventurdifferenzen genannt. Dieser spielt tatsächlich eine wichtige Rolle, ist aber keineswegs der einzige wichtige Grund für die festgestellten Abweichungen. Bei Betrieben ohne Kundenzugang zum Warenlager scheiden Kundendiebstähle als Ursache für eine Inventurdifferenz ohnehin aus, während Entwendungen durch Mitarbeiter möglich bleiben. Dass eine Inventurdifferenz schlicht auf dem Verzählen des mit der Inventur beauftragten Angestellten oder Dienstleisters verursacht werden kann, versteht sich eigentlich von selbst. Zählfehler lassen sich erkennen, indem bei übermäßig starken Abweichungen erneut gezählt wird. Eine weitere häufige Ursache für Inventurdifferenzen besteht in der ungenauen Arbeitsweise des Kassenpersonals. Dieses fällt besonders an der Supermarktkasse bei umfangreichen Einkäufen ähnlicher Produkte wie Joghurts in verschiedenen Geschmacksrichtungen auf. Viele Kassierer neigen bei einem starken Andrang dazu, wegen des ohnehin identischen Preises für jede Geschmacksrichtung einen einzigen Becher zu scannen und die Anzahl aller gekaufter Becher als Multiplikator von Hand einzugeben. Auf diese Weise bezahlt der Kunde zwar den richtigen Preis, die über die Kasse an das Warenwirtschaftssystem gemeldeten Bestandsveränderungen der einzelnen Sorten stimmen jedoch nicht mit der Wirklichkeit überein. Konsequenterweise ergeben sich zwangsläufig Inventurdifferenzen, wobei einige Sorten einen höheren und andere Varianten einen niedrigeren Realbestand als den Buchbestand aufweisen. Eine weitere häufige Ursache für eine Inventurdifferenz besteht im natürlichen Schwund oder Verderb der Ware. Diese Form der Bestandsabweichung trifft besonders auf lose verkaufte Ware wie Obst und Gemüse zu, sie kommt aber auch bei Waren mit überschrittenem Mindesthaltbarkeit vor. Die Inventurdifferenz infolge eines Warenschwundes lässt sich vermindern, indem der Händler den Bestand entsorgter Ware sofort korrigiert. Eine weitere Folge für Inventurdifferenzen besteht in der irrtümlichen Aufnahme von Warenproben und Mustern in den Bestand. Dieser Fehler fällt nur auf, wenn der körperlich ermittelte Warenbestand höher als der Buchbestand ist. In anderen Fällen vermindert die Einbeziehung kostenlos erhaltener und eigentlich nicht zum Verkauf bestimmter Waren lediglich vorhandene Inventurdifferenzen. Nicht selten ergibt sich eine Inventurdifferenz durch die fehlerhafte Nichtverbuchung von Warenentnahmen für den Geschäftsbedarf.
Unter Maßnahmen zur Verringerung einer Inventurdifferenz werden vorwiegend Methoden zum Diebstahlschutz verstanden. Verluste durch Ladendiebstähle lassen sich nie vollständig ausschließen, aber durch eine sorgfältige Bewachung der Verkaufsräume und aufmerksame Verkäufer verringern. Die Bedienung durch Verkaufspersonal anstelle der Selbstbedienung ist in dieser Hinsicht durchaus effektiv, im Endeffekt aber nicht wirtschaftlich. Neben hohen Personalkosten führt der Verzicht auf die Kundenselbstbedienung zu spürbaren Umsatzverlusten, da der wesentliche Kaufanreiz durch eine geschickte Warenpräsentation entfällt.
Inventurdifferenzen verringern den Gewinn eines Unternehmens und wirken sich somit steuermindernd aus. Das Finanzamt erkennt eine Inventurdifferenz im für den entsprechenden Geschäftstyp üblichen Umfang vorbehaltlos an. Sollten sich im Rahmen der Inventur überdurchschnittlich hohe Verluste zeigen, muss der Geschäftsinhaber nicht nur wegen ihrer künftigen Vermeidung die Ursachen erforschen. Vielmehr erkennt der Steuerprüfer diese ebenfalls nur bei einer plausiblen Erklärung an, da Geschäftsinhaber eine Inventurdifferenz auch als Steuersparmethode vortäuschen können.
